1. ATOKのプロパティ(環境設定)を開く。
2. 入力・変換 → 入力補助 → 特殊を開き、その中の「テキストサービスの詳細設定」を開く。
3. 「テキストサービスを使用しない」を選択する。
   再起動を促されるので再起動する。
4. 再起動後、ATOKのプロパティ(環境設定)を開く。
5. 入力・変換 → 表示を開く。
6. 「ATOKの状態を言語バーで表示する」のチェックを外す。

これでタスクトレイにアイコンが表示されるようになります。
ATOK2011、ATOK2012で確認しています。